Bir madde için kayıt ücreti kayıt tonajına, firma büyüklüğüne ve sunumun türüne göre değişmektedir. Ortak kayıtlar için, ayrı ayrı yapılan kayıtlarla karşılaştırıldığında düşük ücret ve ödemeler söz konusudur. KOBİ’lerin her kategorisi için ayrı ücretler belirlenmiştir. Bununla birlikte KKDİK Yönetmeliği hükümlerine göre gizlilik talepleri için yapılan başvurularda ilave ücret alınır.

KKDİK Yönetmeliği Madde 59’da ücretler için temel hükümler yer almaktadır. Kayıt işlemi için Bakanlığın internet sayfasında her yıl yayınlanan, döner sermaye işletmesinde uygulanacak birim fiyat listesinde belirtilen ücret ödenir. Ücretler 2020 yılında belirlenecektir.